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带Maestro可视化界面的Desmond分子动力学软件下载

时间:2024-07-09 19:37来源: 作者:admin 点击: 6 次
Desmond介绍 转自By winner_dk Oct 8 th , 2009计算机辅助药物设计跟分子动力学模拟(MD)是密不可分的。在docking之前,很多人会想用MD来把同源建模预测的蛋白质结构优化 ...

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Desmond介绍 转自By winner_dk Oct 8 th, 2009

计算机辅助药物设计跟分子动力学模拟(MD)是密不可分的。在docking之前,很多人会想用MD来把同源建模预测的蛋白质结构优化一下,docking之后,又可以用MD来进一步优化docking的pose以及计算free binding energy。想做MD模拟吧?担心MD软件很难用?在这里,我向大家推荐一款非常容易操作的免费MD软件Desmond(可以完全在图形化介面操作的)。从load你的蛋白到开始MD可以在5分钟内开始。

前一阵子去参加了一个Schrodinger组织的培训,他们介绍了由D. E. Shaw Research公司() 开发的相对较新的分子动力学模拟软件Desmond。D. E. Shaw Research公司是由其首席科学家David Shaw 独资的以基础科学研究为主的公司,David Shaw早年曾创建并经营金融公司,收入不菲,如今David Shaw已退出金融公司的管理,把其每年分红的很大一部分用于建立D. E. Shaw Research公司,在D. E. Shaw Research公司主页上可以看到其完整的科研队伍。不得不佩服David Shaw为科学无私奉献的精神。

Desmond采取跟Schrodinger紧密合作的方式来开发自己的软件,借用了Schrodinger的Maestro平台,使得Desmond的使用既可以通过自己的命令方式来运行,又可以完全通过Maestro图形介面来进行。D. E. Shaw Research向Schrodinger几乎免费提供Desmond,而D. E. Shaw Research又同时给非商业用户提供免费的Desmond。

Desmond的主要特征:
1.免费软件,Linux平台,高速,准确(速度是不错,准确与否还是要通过大家自己的评测哦)。

2. 软件所能模拟的体系的尺度,如微观,介观或跨尺度等微观。 可以并行至上千CPU。单机multi-core CPU并行也很好用。模拟体系较NAMD小,本人只试用了几万个原子的蛋白小分子体系。2. 软件所属的类型,如MD,DPD,DFT,MC,量化,或交叉等全原子MD。

3. 软件能研究的相关领域,使用者的背景最好是? 主要应用与生物体系,如膜蛋白,小分子等。可以使用不同的力场,如CHARMM, AMBER, and OPLS. 根据教程来看,Desmond对膜蛋白的模拟非常的重视,其自带工具可以很方便的构建膜蛋白模拟体系,当然,也可以动过VMD来建立模拟体系。

4. 软件中主要涉及的理论方法范畴跟大多数MD软件理论基本一样,Explicit solvent simulations with periodic boundary conditions using cubic, orthorhombic, and triclinic simulation boxes。Smooth particle mesh Ewald method for accurate and efficient evaluation of long-range electrostatics。NVE, NVT, NPT, NPAT, NP©T ensembles with Berendsen, Langevin, or Nosé-Hoover thermostats, and Berendsen, Langevin, or Martyna-Tobias-Klein barostats。他们在不断的更新和开发新的功能,也强调跟别的MD软件(如Amber)兼容格式。

5.软件主要包含的处理工具
Desmond的结果可以通过VMD来分析或Schrodinger Maestro分析。在其公司主页上还有另外两个MD结果分析软件下载。

6.与此软件密切相关的软件
VMD, Maestro

Desmond含Maestro可视化操作界面2012版,Linux系统64位。下载地址:
Desmond_Maestro_2012.tar(867.87MB)  

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(责任编辑:)
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